Под прикрытием ночи «Ореанда» бесшумно выскользнула из гавани. Иван Семёнович исчез по-английски, не прощаясь, слегка мучаясь угрызениями совести по отношению к доброму старику, но зато с большим душевным облегчением.
10 марта 1849 года яхта вошла на Севастопольский рейд.
Никто не явился встретить победителей, кроме карантинной службы и таможенников. По приказу Лазарева яхту поставили на 28 дней в Карантинную бухту. Унковский ожидал чего угодно, но только не такой встречи. На берегу, в карантинном доме, у потрясённого всем пережитым и оказанным приёмом, у Ивана Семёновича началась истерика, он зашёлся в припадке смеха так, что пришлось оказывать медицинскую помощь.
Карантин сняли через три недели. Лазарев встретил победителя холодно, сделал выговор за потерю бушприта и за то, что Унковский оставил приз на сохранении в Петербурге, а не привёз с собой.
Лишь спустя много лет отец рассказал ему настоящую причину такой встречи. Оказалось, что адмирал беспокоился, чтобы у капитан-лейтенанта не закружилась от успеха голова и не появилась самовлюблённость вместо самолюбия, поэтому Лазарев решил сразу поставить его на место. Унковский долго и болезненно переживал изменившееся отношение адмирала, которого он глубоко чтил и уважал.
В июле 1849 года Ивана Семёновича назначили командиром брига «Эней» и отправили за границу. Он понимал, что обязан этим Лазареву. Началось плавание по Средиземному морю. Унковскому, конечно, в жизни везло. Во время стоянки «Энея» в Триесте туда вошёл пароход под флагом австрийского императора Франца-Иосифа. Австрия хотела завести военно-морской флот. Для его организации пригласили советником английского адмирала Чарльза Непира. После обмена салютами австрийский император, который, кстати, был одного возраста с командиром «Энея», выразил желание посетить русское судно. Гости попросили провести учение. Бриг снялся с якоря, вышли в море. Высоким гостям показали парусные учения, а затем артиллерийское. Сбросили с брига буй с красным флагом в качестве мишени. Первый же выстрел сбил флаг. Несомненно, это была чистая случайность, но всё происходило на глазах у поражённых зрителей. Сыграли отбой учению. Франц-Иосиф обнял Унковского, а удачливому комендору подарил десять золотых монет. Позже он с восхищением написал об этом случае Николаю I. Мы уже говорили, что у царя была необыкновенная память.
Но ожидало Унковского и горе. Жена Лазарева, Екатерина Тимофеевна, написала ему, что находится с мужем в Вене для консультации по поводу состояния здоровья адмирала. Врачи сказали ей, что дни Михаила Петровича сочтены, поэтому, если он хочет с ним проститься, то пусть приезжает в Вену.
Вид адмирала его поразил. Михаил Петрович ничего не мог есть и ужасно исхудал. Унковский, не выдержав, разрыдался в соседней комнате. Вскоре после этой встречи на бриг пришло скорбное известие о смерти Лазарева. Иван Семёнович перешёл на бриге в Ифу. Там он разделил команду на две части и за свой счёт обеспечил им поездку по очереди в Иерусалим, чтобы помолиться за Лазарева. Кстати, в 1877 году, после смерти вдовы адмирала, Унковскому доставили тот памятный приз за яхтенные гонки. Драгоценный кубок завещала ему вдова адмирала.
Вернувшись на родину в конце октября 1851 года, он узнал, что царь назначил его в свиту флигель-адъютантом.
Затем его перевели на Балтику, и там он получил назначение командиром фрегата «Паллада», отправлявшегося для доставки в Японию чрезвычайного и полномочного посланника контр-адмирала Путятина. Это, без сомнения, была особая царская милость для тридцатилетнего офицера. Плавание на «Палладе» широко известно по опубликованным запискам Гончарова, служившего секретарём у Путятина. К сожалению, взгляд писателя, ставшего классиком русской литературы, подмечал многое, но совсем не главное. Это был взгляд человека, не обременённого занятиями, и потому всё воспринималось им, как равнодушным наблюдателем.
Фрегат был старым для такого перехода, команда – плохо подготовленной. К тому же у Ивана Семёновича не сложились отношения с адмиралом, между ними часто происходили стычки. Оба были вспыльчивыми, при этом Путятин отличался крайней набожностью и никогда не шёл на компромиссы. Унковский, как и большинство флотских офицеров, к религии относился спокойно, его раздражало, что адмирал придавал чрезмерно большое значение обрядности религиозной службы, что в условиях корабельной службы иногда мешало, да и вообще слишком копался в мелочах. Иван Семёнович потом рассказывал, что в течение дня из каюты адмирала, куда постоянно вызывали фрегатского иеромонаха, много раз слышалось молитвенное пение. Капитан обладал редким даром имитировать чужие голоса, и видимо, Путятин услышал, как он его передразнил. Полная несхожесть характеров двух начальников на одном судне неминуемо вела к стычке, и очень серьёзной. Это было очень грустно, поскольку, несмотря на свои недостатки, оба были порядочными людьми. Неизбежное всё-таки случилось. Адмирал потребовал, чтобы капитан обошёл всех торговцев, у которых производил для экипажа закупки ревизор, и перепроверил цены на продукты. Иван Семёнович категорически отказался, пояснив, что знает ревизора как честнейшего человека ещё с тех пор, когда оба носили кадетские куртки. Путятин продолжал настаивать. Вскоре Унковский узнал от офицеров, что адмирал сам опрашивал торговцев. Это переполнило чашу его терпения. Всё, что накипело в плавании друг против друга, выплеснулось и у капитана, и у адмирала. В тот день адмирал спустился по трапу, сел в шлюпку, громко повторяя, что заставит командира выполнить своё требование. Унковский был в таком состоянии, что уже не отдавал отчёта в своих действиях. Он бросился вслед адмиралу, но шлюпка уже отвалила, а другой не было, пришлось ждать, пока она вернётся. Прошло время, потом ещё, пока Унковский бегал по берегу, разыскивая адмирала, постепенно он успокоился. Всё могла окончиться трагедией, если бы не эта задержка. К счастью, по чистой случайности всё обошлось благополучно. Между ними состоялся откровенный мужской разговор. Оба сделали из случившегося выводы, и больше подобных ситуации не возникало.