У переправы скопилось огромное количество людей, повозок, лошадей, волов, артиллерии. Не хватало продовольствия, фуража для лошадей и волов. Люди были до предела измучены, начался массовый падеж животных, вот-вот могла вспыхнуть эпидемия среди людей. Создалась критическая ситуация. Тогда командование приняло решение откомандировать с судов для организации переправы опытных морских офицеров, обладающих необходимыми волевыми качествами и организаторскими способностями. Збышевского назвали одним из первых для выполнения этого трудного и ответственного поручения.
Моряки работали круглыми сутками, разбившись на смены. Збышевскому досталось переправить 2‑ю гренадерскую дивизию с артиллерией и обозом. Он великолепно справился с порученным ему делом, за что получил письменную благодарность от главнокомандующего войсками генерал-адъютанта князя Михаила Дмитриевича Горчакова.
Позже мичману довелось строить укрепления в устье Днепра, а с наступлением зимы его перевели в николаевский гарнизон. Окончание войны Збышевский встретил командиром канонерской лодки, входившей в состав Днепровской флотилии. Затем его назначили на военную яхту «Ореанда» – изящное парусное судно, на котором когда-то, до войны, ее тогдашний командир Иван Семёнович Унковский завоевал серебряный кубок, украшенный драгоценными камнями, на самых престижных гонках в Финском заливе. Мичман не подозревал, что судьба сведет его с бывшим командиром «Ореанды», и они проведут вместе не один год и при весьма непростых обстоятельствах.
После войны от Черноморского флота практически ничего не осталось. По Парижскому договору России запрещалось восстанавливать Черноморский флот. Требовалось решить, что делать с людьми. Большинство офицеров уволили на пенсию, а наиболее молодых и перспективных распределили по судам на другие моря.
Збышевского перевели в Кронштадт. Там он получил назначение в штаб отряда винтовых корветов и клиперов капитана 1‑го ранга Андрея Александровича Попова. Однако штабная работа не привлекала мичмана. К большому неудовольствию Попова, Збышевский добился перевода на судно, отправлявшееся в дальнее плавание.
26 июля 1857 года его назначили вахтенным офицером на фрегат «Аскольд», а ещё через месяц за отличие по службе присвоили звание лейтенанта.
Впереди его ждало кругосветное плавание с командиром, известным всей России по роману Ивана Александровича Гончарова «Фрегат “Паллада”». Вся грудь лейтенанта была в орденах и медалях, в послужном списке – благодарности императора, очередное звание ему присвоили досрочно, каждый месяц выслуги, проведённый в осажденном Севастополе, высочайше приказано считать для выслуги пенсии за год службы… Словом, о чем еще мог мечтать молодой флотский офицер? Перед ним открылась прямая дорога в адмиралы.
Винтовой фрегат «Аскольд» заложили перед самой войной. Машину для него собирались заказать англичанам, но война спутала карты, и механизмы пришлось изготавливать в Петербурге. Командира фрегата, капитана 1‑го ранга Унковского заверили, что он поведет на Дальний Восток новейшее российское судно, построенное по последнему слову тогдашней техники.
Командир строящегося фрегата входил в комиссию по приемке судна. Своим помощником в комиссии он назначил лейтенанта Збышевского, как хорошо разбирающегося в судовых механизмах. Лейтенант проверил машину и доложил о результатах командиру. Доклад подчиненного привел Унковского в ужас. Убедившись, что в нём нет преувеличений, он немедленно написал рапорт морскому министру, сообщая о выявленных безобразиях. Корпус фрегата построили из сырой древесины (позже выяснилось, что просто из гнилья), «котлы… годны только для пробы машины, а для дальнейшего назначения оной, вещи сии едва ли могут отвечать цели. Коленчатый вал имеет трещину глубиной 2 дюйма и длиною 7 дюймов, один из цилиндров имеет весьма сомнительную заплату и много мелочных вещей по неблагонадежности должны быть заменены на новые».
Командир фрегата и его помощник увидели пока лишь то, что, как говорится, лежало на поверхности. Но и этого было достаточно, чтобы привлечь к ответственности руководство завода и военных, контролировавших строительство фрегата. Именно такой реакции и ожидал Унковский, посылая рапорт министру.
Однако случилось иначе. Кроме офицеров «Аскольда», никто не был заинтересован в разбирательстве. Одни боялись, что вскроются факты наглого воровства, в котором были замешаны люди, причастные к постройке фрегата. Воровали все и всё. Заводское начальство и поставщики наживались на счетах за фиктивные работы, поставляли брак, завышали стоимость материалов и работ. Мастеровые действовали проще, но не менее бесстыже: крали медь. Вместо медных гвоздей в обшивку забивали ржавые железные, медные болты заменяли муляжами из медной головки и деревяшки.
Те же, кто обязан был по долгу службы следить за строительством судна, закрывали на все глаза, причем делали это небескорыстно. Всему этому ворью, наживавшемуся на постройке судна, на руку было то обстоятельство, что строительство шло в невероятной спешке. Международная обстановка требовала немедленной отправки фрегата на Дальний Восток.
Царю уже доложили, что подготовка к плаванию завершается и скоро самое современное боевое судно российского флота, его краса и гордость, причём построенное без помощи иностранцев, отправится по назначению. Рапорт Унковского поверг флотское начальство в шоковое состояние.