Материалы с результатами экспедиции на Амур и в Приморье, подготовленные Орловым, Завойко отправил секретной почтой в Петербург, главному правлению компании.
Ответа он не получил. Выводы Орлова о том, что китайцев в устье Амура нет, а живущие там народности не зависимы от Китая, подтверждали сведения, которые ещё в 1831 году собрал капитан корпуса флотских штурманов Прокопий Тарасович Козьмин, занимавшийся описью Шантарских островов и части Охотского побережья.
История присоединения к России Амура, Сахалина и Приморья – это подвиг людей, перенесших неслыханные лишения, борьба честолюбий, многоходовые интриги тех, кто дальше Петербурга не выезжал, но зато вершил всеми судьбами.
В тот год, когда Орлов обследовал водный путь из Аяна, на юго-восточное побережье Охотского моря направили экспедицию двадцатидевятилетнего сотрудника Академии наук Александра Фёдоровича Миддендорфа. Почему-то во всех исторических трудах её называют экспедицией академика Миддендорфа, хотя он им тогда не был. Этот молодой человек по возвращении доложил, что прошёл вдоль границы с Китаем, обозначенной грудами камней конической формы. По его отчёту выходило, что Амур и Приморье относились к владениям соседнего государства. Копия отчёта поступила в Министерство иностранных дел. Там решили, что Амур лучше оставить в покое.
В 1845 году последовало высочайшее разрешение Орлову вновь поступить на службу в Российско-американскую компанию. Его произвели в самый низший, 14‑й класс. Добился этого Завойко, упорно хлопотавший за моряка. Тогда же был официально закреплён перевод Охотской фактории в Аян.
В 1846 году по ходатайству Завойко, поддержанному правлением компании, Орлов получил полное прощение. «За усердие по службе» его произвели 14 мая 1847 года в коллежские регистраторы, а позже (это случилось в 1850 году) переименовали в прапорщика корпуса флотских штурманов.
И всё же Амур продолжал занимать умы многих людей, в том числе и на высоких государственных постах.
В 1846 году по заданию правительства Российско-американская компания приняла на себя все расходы по секретной разведывательной экспедиции на компанейском бриге «Константин» под командованием подпоручика корпуса флотских штурманов Александра Михайловича Гаврилова. Экспедицию направили из Ново-Архангельска для исследования устья Амура. Гаврилов осмотрел часть амурского лимана и сделал промеры северного фарватера входа в реку. Полученные результаты оптимизма не внушали – везде оказались небольшие глубины. Всех участников экспедиции наградили, Гаврилов получил премию в 1500 рублей. Доложили царю, и тот согласился, что Амур – бесполезная для России река.
Однако так думали не все. Капитан-лейтенант Геннадий Иванович Невельской был глубоко убеждён, правда, из чисто умозрительных соображений, что Амур с моря доступен для морских судов. Ими он поделился с вновь назначенным генерал-губернатором Восточной Сибири Николаем Николаевичем Муравьёвым.
Тот выслушал капитан-лейтенанта с большим интересом. Генерал внимательно изучил всю историю вопроса, и то, о чём говорил моряк, совпадало с его собственными мыслями, а главное, с желаниями. Выгоды от водного пути при сибирском бездорожье переоценить было невозможно. Он поддержал Невельского, назначенного командиром небольшого транспорта «Байкал», которому предстоял путь на Камчатку, и пообещал получить разрешение на обследование устья Амура.
Невельской планировал сдать в Петропавловске груз и до конца навигации успеть исследовать устье Амура.
Завойко утверждал, что Невельской знал о плавании Гаврилова, был знаком и с журналом и картой экспедиции.
Однако Невельской впоследствии это категорически отрицал. Но вот за что точно можно ручаться: ни Муравьёв, ни Невельской не знали о тайной экспедиции Орлова. Правление компании, прослышав, что для обследования Амура требуется личное разрешение царя, спрятало от греха подальше все присланные Завойко материалы.
Пока в Петербурге готовилось плавание «Байкала», Орлов выполнял очередное задание Завойко, совершая поездку по стойбищам тунгусов между Нельканом и Тунгуром. Это была разведка территории под видом организации меновой торговли. Путешествие заняло у него два месяца.
1849 год на востоке был богат на события. Впервые за всю историю Сибири новый генерал-губернатор Николай Николаевич Муравьёв вместе с женой побывал на Камчатке и прибыл в Аян. Там он предполагал дождаться Невельского со сведениями об Амуре. Невельской действительно проявил невероятную энергию, чтобы, не теряя ни минуты, прибыть в Петропавловск. Плавание прошло успешно, он сдал груз, принял балласт и немедленно отправился к устью Амура. Но ещё до своего приезда в Аян генерал-губернатор прислал туда курьера с копией инструкции Невельскому. Подлинник к тому времени не был утверждён царём. Формально Муравьёв и Невельской действовали на свой страх и риск.
Ещё в пути на Камчатку Муравьёв узнал, что из Петербурга по высочайшему повелению отправлена особая экспедиция под руководством подполковника Николая Христиановича Ахте с предписанием оказывать ему любое необходимое содействие для быстрейшего выполнения работ по установлению границы с Китаем на основе сведений, доставленных Миддендорфом. Эта нежданно-негаданно появившаяся экспедиция могла привести к тому, что Амур оказался бы на китайской территории. И тогда Муравьёв решился на беспрецедентный шаг: он нарушил священное – волю царя. Генерал-губернатор приказал любыми способами задержать Ахте в Иркутске до его возвращения. Между тем о «Байкале» не было никаких известий. Транспорт будто провалился куда-то.