С наступлением весны Невельской поручил Орлову заведовать и нижними чинами, и всем казённым имуществом экспедиции. За короткое тёплое время построили очень много, даже примитивный кирпичный заводик. Помимо этого, Орлов по приказанию Невельского отправился в августе на маленьком четырёхвесельном ялике исследовать фарватеры лимана. Погода была отвратительная: хлестал дождь, сильный ветер поднял волнение. В мелководном лимане волны швыряли ялик так, что с большим трудом удавалось удержать его от переворота. Ни о каких измерениях глубин не могло быть и речи в таких условиях. С большим трудом Орлову и матросам удалось догрести до берега. Назад по Амуру было не вернуться. Тогда он прошёл в залив Де-Кастри, перетащил с матросами ялик через перешеек у мыса Сущёва и по речушке и озёрам вышел на Амур, по которому возвратился в Петровское.
В ночь с 15 на 16 июля 1852 года пять матросов сбежали на вельботе из Мариинского поста. Малопонятно, на что они рассчитывали, видимо, просто уже не могли терпеть каждодневную каторгу. Невельской организовал преследование. Однако дезертиров не обнаружили. Они сгинули без следа. Не нашёлся даже вельбот. А может быть, преследователи и не очень старались: матросы захватили с собой оружие, ничего хорошего их не ждало, поэтому терять им было нечего.
Все заботы, касающиеся снабжения экспедиции, Невельской свёл к написанию многочисленных рапортов и отношений.
Вместо налаживания деловых дружеских отношений с начальником Аянского порта и фактории Александром Филипповичем Кашеваровым он слал ему предписания, требуя снабдить экспедицию всем необходимым. Тот объяснял, что не может выходить за пределы норм, разрешённых ему правлением. Потеря упомянутых выше судов – удар по компании, он сам не получил из-за этого всего необходимого. И тем не менее Кашеваров из собственных скудных средств кое-что послал Невельскому, на свой страх и риск. Зная, что Орлов и Березин – сотрудники Российско-американской компании, он направлял им рекомендации и указания. Невельской, не считая нужным входить в объяснения с Кашеваровым о том, что они теперь находятся в его подчинении, запретил Орлову и Березину не только выполнять указания начальника фактории, но даже отвечать на его письма. Возникла никому не нужная конфликтная ситуация.
Нарушая субординацию, Невельской слал письма с требованиями поставок продовольствия и вещей первой необходимости в главное правление компании в Петербурге, написанные в таком тоне, будто там сидели его подчинённые. Генерал-губернатор Восточной Сибири был вынужден поставить капитана 1‑го ранга на место, сделав ему письменное внушение: «…должен заметить Вашему Высокоблагородию, что выражения и самый смысл этих бумаг выходит из границ приличия и, по моему мнению, содержание оных, кроме вреда для общего дела, ничего принести не может».
Завойко, находившийся не в лучшем положении, организовал на Камчатке заготовку продуктов на зиму и, в первую очередь, противоцинготных средств. Ничего этого не сделал Невельской, ожидая помощи из центра.
Вторую зиму в Петровском перенесли ещё тяжелее, чем первую. Она вновь унесла жизни взрослых и детей. Пережили трагедию и Невельские. У Екатерины Ивановны пропало молоко, и грудной ребёнок умер от голода на глазах у бессильных что-либо сделать родителей.
Как бы тяжело ни приходилось мужчинам, женщины страдали больше.
Когда положение стало совсем отчаянным, Невельской приказал Орлову попытаться купить продовольствие у гиляков. Только Дмитрию Ивановичу была под силу такая задача: его местные жители принимали как своего. С кем-нибудь другим они не стали бы даже разговаривать. Избытков продуктов у гиляков не было, но частью они смогли поделиться, однако и это немногое очень помогло.
Орлов убеждал Невельского не навязывать насильно гилякам чужих обычаев, не мешать их торговле с маньчжурами. Местное население по распоряжению начальника экспедиции активно крестили, привлекая выдачей новых рубашек и мелких подарков. Два человека постоянно стремились наладить дружеские отношения с местным населением – Дмитрий Иванович и жена Невельского, Екатерина Ивановна. Пытались они оказывать влияние в этом отношении и на Геннадия Ивановича, и на остальных членов экспедиции. Получалось не всегда.
У Невельского были свои методы. Получив сведения от трёх добровольных информаторов из числа местных о том, что в селении Войд ходят слухи о приходе летом маньчжур, которые перережут всех русских, он послал вооружённых казаков и матросов в селение привезти всех тамошних гиляков в Петровское. Потом туда же согнали жителей других трёх поселений. На их глазах распространителей слухов выпороли, а затем в течение трёх суток заставили таскать брёвна. Умиляет вывод, который сделал из этого случая один биограф, прославлявший Невельского: «Эта мера так хорошо подействовала на туземцев, что между ними и русскими не возбуждалось уже более недружелюбных отношений».
В Петербурге, после изучения сведений, отправленных Невельским о результатах пограничных экспедиций Орлова и Бошняка, правительство сосредоточило внимание на Сахалине, имевшем теперь стратегическое значение для будущих планов империи. С работами на материке можно было подождать, учитывая нехватку людей и средств. Невельской получил приказание Муравьёва направить десант на Сахалин и попытаться его занять. Действовать предполагалось решительно и быстро, чтобы опередить занятие острова европейскими державами и американцами, которые, возможно, об этом даже и не помышляли. Китайцев на острове не было, а японцы не представляли серьёзной угрозы.